Sisä-GPS:llä on periaatteessa yksi suuri haaste, ja se on heikko signaalinkäsittely. Tämän haasteen ensimmäinen osa on hankinta, toinen on monitie, ja kolmas on heikko/vahva signaalivuorovaikutus.
Hankinta: Saapuvaa signaalia voidaan etsiä kahdessa ulottuvuudessa, jotka sisältävät koodiviiveen ja Doppler-taajuuden. Haku sisältää Doppler-arvon, joka muunnetaan alas kertomalla se paikallisesti luodulla satelliitin CDMA-koodilla. Viive vaihtelee; siksi prosessia kutsutaan nimellä “korreloivat.” Integrointijaksot ovat saapuvien signaalien ryhmiä, joille haku suoritetaan. Kun signaalit ovat heikot, korrelaatiojaksoa on pidennettävä, jotta tuloksen signaali-kohinasuhde paranee.
Monitie: Kun ulko-GPS on käytössä, monitie koetaan vain lievästi, jos ollenkaan. Monitie on heijastus tuosta tuotteesta, heikompi kopio suorasta ja alkuperäisestä näköyhteyssignaalista. Tämä ilmiö pahenee huomattavasti, kun GPS:ää käytetään sisätiloissa. Heijastus voi olla niin huono, että se ylittää suoran signaalin sisätiloissa käytettäessä.
Heikko/vahva signaalivuorovaikutus: Tämä on tilanne, joka syntyy, kun vastaanotin lukittuu ristikorrelaation huippuun tai väärään signaaliin, toisin kuin oikean signaalin autokorrelaatiohuippu.. Tämän välttäminen on mahdollista, kun voimakas signaali hankitaan suoraan ja poistetaan ennen kuin myöhemmin hankitaan heikko signaali.